Ο Ναός των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου κτίστηκε κατά τους πρώτους χρόνους της βενετσιάνικης κυριαρχίας ως Καθολικό της Βρίσκεται στη τοποθεσία Καστέλλα, δίπλα στο θαλάσσιο τείχος, μεταξύ του ενετικού λιμανιού Ηρακλείου και της Πύλης Δερματά, στη σημερινή παραλιακή λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου. μονής του Τάγματος των Δομινικανών .
Αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία αρχιτεκτονικής των Κιστερκιανών Μοναχών του 12ου αιώνα, τόσο στην Ελλάδα όσο και στην Ευρώπη.
Αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία της κατηγορίας του, με ευρύτερο Ευρωπαϊκό ενδιαφέρον και για την πορεία της αρχιτεκτονικής του 13ου αιώνα αλλά και την παρουσία της τόσο στην Ευρώπη όσο και στην Ελλάδα. Χαρακτηριστικό επίσης είναι ότι ειδικά ως προς τη διώροφη διάταξη των αρχικών παρεκκλησίων του Ιερού, αυτή δεν έχει εντοπιστεί σε άλλο μνημείο της κατηγορίας του. Ήδη στην Κρήτη ο Ναός του Αγίου Πέτρου έχει αποτελέσει πρότυπο για τον Ιερό Ναό του Αγίου Νικολάου Χανίων κατά το γύρισμα του 13ου προς το 14ο αιώνα.
Το κτίριο υπέστη εκτεταμένες καταστροφές από σεισμούς που έγιναν από τον 14ο μέχρι τον 18ο αιώνα. Η τολμηρή αρχιτεκτονική του μνημείου με τις μεγάλες διαστάσεις ως προς το μήκος (54μ.), το πλάτος (15μ.) και το ύψος (12μ.) του κεντρικού του κλίτους, σε συνδυασμό με την απουσία αντηρίδων κατά μήκος του βορείου και του νοτίου τοίχου του, φαίνεται ότι συντέλεσαν στην εν μέρει κατάρρευσή του τρεις φορές από σεισμούς, κατά τις αρχές του 14ου αιώνος, στις αρχές του 16ου και κατά το 18ο. Κατά το σεισμό του 18ου αιώνα καταστράφηκαν η στέγη, το μεγαλύτερο μέρος του βορείου τοίχου, το βορειοανατολικό παρεκκλήσιο του 14ου αιώνα, το νοτιοδυτικό παρεκκλήσιο του 15ου αιώνα, το ανατολικό σταυροθόλιο με τμήμα του τριλόβου παραθύρου, η βορειοδυτική εξωτερική παραστάδα και το άνω μέρος του δυτικού τοίχου του ναού.
Ο ναός λειτουργεί μόνο στην εορτή των Αγίων Πέτρου & Παύλου στις 29 Ιουνίου.
